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interactome:experiments:20191210 [2019/12/10 10:51]
dan created
interactome:experiments:20191210 [2019/12/10 11:38] (current)
dan
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 {{tag>​interactome PersonalInteractome}} {{tag>​interactome PersonalInteractome}}
  
-== Re-trying with additional cycle to amplify MORF4L1. The annealing temp is set to 52C. == +== Re-trying with new cDNA sample. ==
- +
-##Overview  +
-^ Step   ^ Description ​                                    ​^ ​ Date/​Initials ​  ^ Link protocol ​ ^ Link results ​ ^ +
-| 1      | Total RNA extraction from HEK293T cells         ​| ​ 20191122DEY ​    ​| ​               |               | +
-| 2      | 1st strand cDNA synthesis ​                      ​| ​ 20191122DEY ​    ​| ​               |               | +
-| **3**  | **Target gene amplification from cDNA sample** ​ | Current ​ |                |               | +
-| 4      | BP-reaction ​                                    ​| ​                 |                |               | +
-| 5      | Sanger sequence check                           ​| ​                 |                |               | +
  
 #### Material #### Material
- 
-^ Check  ^ Reagent ​                     ^ Supplier ​        ^ Cat. no        | Primer/​Sample ID  ^ Memo                           ^ 
-|        | Nuclease free ddH2O          | Invitrogen ​      | 10977-015 ​     |                   ​| ​                               | 
-|        | Phusion HF buffer (5x)       | NEB              | B0518S ​        ​| ​                  ​| ​                               | 
-|        | 25mM dNTPs                   | TaKaRa ​          ​| ​               |                   ​| ​                               | 
-|        | Frd Primer ​                  | FASMAC ​          ​| ​               |                   | PI11 to PI20                   | 
-|        | Rvs Primer ​                  | FASMAC ​          ​| ​               |                   | PI11 to PI20                   | 
-|        | Phusion pol                  | -                | KM2            |                   | Home brew Phusion pol          | 
-|        | Template cDNA                |                  | -              |                   | Prepared on 20191122. Sample1 ​ | 
-|        | Agarose ​                     | RIKAKEN ​         | RSV-AGRP-500G ​ |                   ​| ​                               | 
-|        | 1x TBE buffer ​               | -                | -              |                   | Homebrew (link:​) ​              | 
-|        | ExcelBand 100 bp DNA Ladder ​ | SMOBiO ​          | DM2100 ​        ​| ​                  ​| ​                               | 
-|        | 5x Loading dye               | -                | -              |                   | Homebrew (link:​) ​              | 
-|        | Midori green Advance ​        | Nippon Genetics ​ | NE-MG04 ​       |                   ​| ​                               | 
- 
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- 
-Before preparing: Check your primer Tm at NEB website (http://​tmcalculator.neb.com/#​!/​main with Phusion/HF buffer setting) 
-\\ 
-\\ 
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 \\ \\
 #### Protocol #### Protocol
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 List of paramater tested. List of paramater tested.
  
-| RT                       |  +        |  -        |  +       ​| ​ -       ​| ​ +       ​| ​ -       ​|  +    |  -    |  +         |  -         | + RT                   ​ ​- ​       ​|  +        |  -       ​|  +       ​| ​ -       ​| ​ +       ​| ​ -      |  +      |  -         ​|  +         | 
-^ Tm/Target gene        ​^    ​^  MORF4L1 ​ ^  MORF4L1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BIK  ^  BIK  ^  MRFAP1L1 ​ ^  MRFAP1L1 ​ ^ +^ Tm/Target gene        ^  MORF4L1 ​ ^  MORF4L1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BIK    ^  BIK    ^  MRFAP1L1 ​ ^  MRFAP1L1 ​ ^ 
-     Row/Col on PCR plate |^  1        ^  2        ^  3       ​^ ​ 4       ​^ ​ 5       ​^ ​ 6       ​^ ​ 7    ^  8    ^  9         ​^ ​ 10        ^ + Row/Col on PCR plate ^  1        ^  2        ^  3       ​^ ​ 4       ​^ ​ 5       ​^ ​ 6       ​^ ​ 7      ^  8      ^  9         ​^ ​ 10        ^ 
-^  ​52.0                 ​^ ​ ^           ​| ​          ​                                    |       ​| ​      ​| ​                      | +^  ​Frd primer ​          ​| ​ PI 11    |  PI 11    |  PI 13   ​| ​ PI 13   ​| ​ PI 15   ​| ​ PI 15   ​| ​ PI 17  |  PI 17  |  PI 19     ​| ​ PI 19     | 
- + Rvs Primer ​          |  PI 12    ​ PI 12    ​ PI 14    PI 14    PI 16    PI 16   ​| ​ PI 18  |  PI 18  |  PI 20     ​| ​ PI 20     | 
- +|  Tm                   ​| ​ 56       |  ​56 ​      |  ​58 ​     ​ ​58 ​     |  65      |  65      |  56     ​| ​ 56     ​| ​ 57        |  57        ​|
- +
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- 
  
   *Mix the following reagents in one tube (ideally from top to bottom)   *Mix the following reagents in one tube (ideally from top to bottom)
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 \\ \\
 \\ \\
- --- //​[[daney@sfc.keio.ac.jp|Dan Yamamoto-Evans]] 2019/11/25 14:48//+ --- //​[[daney@sfc.keio.ac.jp|Dan Yamamoto-Evans]] 2019/12/10 11:37//
 **Print at 96%** **Print at 96%**
  • interactome/experiments/20191210.1575942706.txt.gz
  • Last modified: 2019/12/10 10:51
  • by dan