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interactome:experiments:20191210 [2019/12/10 11:27]
dan
interactome:experiments:20191210 [2019/12/10 11:38] (current)
dan
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 == Re-trying with new cDNA sample. == == Re-trying with new cDNA sample. ==
- 
-##​Overview ​ 
-^ Step   ^ Description ​                                    ​^ ​ Date/​Initials ​  ^ Link protocol ​ ^ Link results ​ ^ 
-| 1      | Total RNA extraction from HEK293T cells         ​| ​ 20191122DEY ​    ​| ​               |               | 
-| 2      | 1st strand cDNA synthesis ​                      ​| ​ 20191122DEY ​    ​| ​               |               | 
-| **3**  | **Target gene amplification from cDNA sample** ​ | Current ​ |                |               | 
-| 4      | BP-reaction ​                                    ​| ​                 |                |               | 
-| 5      | Sanger sequence check                           ​| ​                 |                |               | 
- 
  
 #### Material #### Material
- 
-Before preparing: Check your primer Tm at NEB website (http://​tmcalculator.neb.com/#​!/​main with Phusion/HF buffer setting) 
-\\ 
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 #### Protocol #### Protocol
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 List of paramater tested. List of paramater tested.
  
-| RT                    ​| ​   ​|  -        | +         ​|  -       | +        |  -       ​| ​ +       ​| ​ -      |  +      |  -         ​| ​ +         | + RT                   ​|  -        |         |  -       ​| ​       ​|  -       ​| ​ +       ​| ​ -      |  +      |  -         ​| ​ +         | 
-^ Tm/Target gene        ​^    ​^  MORF4L1 ​ ^  MORF4L1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BIK    ^  BIK    ^  MRFAP1L1 ​ ^  MRFAP1L1 ​ ^ +^ Tm/Target gene        ^  MORF4L1 ​ ^  MORF4L1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  MRFAP1 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BCL2L2 ​ ^  BIK    ^  BIK    ^  MRFAP1L1 ​ ^  MRFAP1L1 ​ ^ 
-     Row/Col on PCR plate |^  1        ^  2        ^  3       ​^ ​ 4       ​^ ​ 5       ​^ ​ 6       ​^ ​ 7      ^  8      ^  9         ​^ ​ 10        ^ + Row/Col on PCR plate ^  1        ^  2        ^  3       ​^ ​ 4       ​^ ​ 5       ​^ ​ 6       ​^ ​ 7      ^  8      ^  9         ​^ ​ 10        ^ 
-^  Frd primer ​          ^    ^  PI 11    |  PI 11    |  PI 13   ​| ​ PI 13   ​| ​ PI 15   ​| ​ PI 15   ​| ​ PI 17  |  PI 17  |  PI 19     ​| ​ PI 19     | +^  Frd primer ​           PI 11    |  PI 11    |  PI 13   ​| ​ PI 13   ​| ​ PI 15   ​| ​ PI 15   ​| ​ PI 17  |  PI 17  |  PI 19     ​| ​ PI 19     | 
-^  Rvs Primer ​          ^    ​|  PI 12    |  PI 12    |  PI 14   ​| ​ PI 14   ​| ​ PI 16   ​| ​ PI 16   ​| ​ PI 18  |  PI 18  |  PI 20     ​| ​ PI 20     | +^  Rvs Primer ​          ​| ​ PI 12    |  PI 12    |  PI 14   ​| ​ PI 14   ​| ​ PI 16   ​| ​ PI 16   ​| ​ PI 18  |  PI 18  |  PI 20     ​| ​ PI 20     | 
- +|  Tm                   ​| ​ 56       ​| ​ 56       ​| ​ 58      |  58      |  65      |  65      |  56     ​| ​ 56     ​| ​ 57        |  57        |
- +
- +
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   *Mix the following reagents in one tube (ideally from top to bottom)   *Mix the following reagents in one tube (ideally from top to bottom)
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- --- //​[[daney@sfc.keio.ac.jp|Dan Yamamoto-Evans]] 2019/11/25 14:48//+ --- //​[[daney@sfc.keio.ac.jp|Dan Yamamoto-Evans]] 2019/12/10 11:37//
 **Print at 96%** **Print at 96%**
  • interactome/experiments/20191210.1575944837.txt.gz
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  • by dan