Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
interactome:experiments:20191210-2 [2019/12/10 11:50]
dan [Table]
interactome:experiments:20191210-2 [2019/12/10 11:54] (current)
dan
Line 4: Line 4:
  
 == Barcoded cDNA generation with fusion PCR. == == Barcoded cDNA generation with fusion PCR. ==
- 
-#### Material 
-\\ 
 #### Protocol #### Protocol
  
Line 30: Line 27:
 \\ \\
 \\ \\
- 
   *Mix the following reagents in one tube (ideally from top to bottom)   *Mix the following reagents in one tube (ideally from top to bottom)
  
 ^  Check                    ^  Reagent ​               ^  Volume (µl)   1 reaction ​ ^  Volume (µl) for 25 reactions with 20µL vol  ^  Final concenration ​      |^ Memo                                                            ^ ^  Check                    ^  Reagent ​               ^  Volume (µl)   1 reaction ​ ^  Volume (µl) for 25 reactions with 20µL vol  ^  Final concenration ​      |^ Memo                                                            ^
-|                           | ddH20                   ​| ​ 6.62                      ​|  ​331                                         |                    - |     ​| ​                                                                |+|                           | ddH20                   ​| ​ 6.12                      ​|  ​306                                         |                    - |     ​| ​                                                                |
 |                           | Phusion HF buffer (5x)  |  2.0                       ​| ​ 100                                         ​| ​                   - |     ​| ​                                                                | |                           | Phusion HF buffer (5x)  |  2.0                       ​| ​ 100                                         ​| ​                   - |     ​| ​                                                                |
 |                           | 25mM dNTPs              |  0.08                      |  4                                           ​| ​                 0.2 | mM  | Equal volume mix of 100mM dA/T/G/CTPs will give this solution. ​ | |                           | 25mM dNTPs              |  0.08                      |  4                                           ​| ​                 0.2 | mM  | Equal volume mix of 100mM dA/T/G/CTPs will give this solution. ​ |
Line 40: Line 36:
 ^ Transfer the tube on ice                                                                                                                                                                                                 ​||||||| ^ Transfer the tube on ice                                                                                                                                                                                                 ​|||||||
 |                           | Phusion pol             ​| ​ 0.2                       ​| ​ 10                                          |                    - |     | Home brew Phusion pol                                           | |                           | Phusion pol             ​| ​ 0.2                       ​| ​ 10                                          |                    - |     | Home brew Phusion pol                                           |
-|                           ​| ​                        ​| ​                           | **Aliquot ​18 µL  to each tube** ​             |                      |     ​| ​                                                                |+|                           ​| ​                        ​| ​                           | **Aliquot ​17 µL  to each tube** ​             |                      |     ​| ​                                                                |
 |                           | 10µM Frd Primer ​        ​| ​ 0.5                       ​| ​ 1                                           ​| ​                 0.5 | µM  |                                                                 | |                           | 10µM Frd Primer ​        ​| ​ 0.5                       ​| ​ 1                                           ​| ​                 0.5 | µM  |                                                                 |
 |                           | 10µM Rvs Primer ​        ​| ​ 0.5                       ​| ​ 1                                           ​| ​                 0.5 | µM  |                                                                 | |                           | 10µM Rvs Primer ​        ​| ​ 0.5                       ​| ​ 1                                           ​| ​                 0.5 | µM  |                                                                 |
 +|                           | Fusion PCR template ​    ​| ​ 0.5                       ​| ​ 1                                           ​| ​                     |     ​| ​                                                                |
 |                           ^ Total (µL)              ^  10                        ^  20                                          |                      |     ​| ​                                                                | |                           ^ Total (µL)              ^  10                        ^  20                                          |                      |     ​| ​                                                                |
 +\\
 +\\
 +\\
 +\\
 +\\
 +\\
 +\\
 +\\
 \\ \\
 \\ \\
  • interactome/experiments/20191210-2.1575946245.txt.gz
  • Last modified: 2019/12/10 11:50
  • by dan