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Line 1: Line 1:
 ## Personal Interactome ## Personal Interactome
-## One-by-one pENTRY clone generation from HEK293Ta cDNA sample+# One-by-one pENTRY clone generation from HEK293Ta cDNA sample
  
 == BP cloning== == BP cloning==
  
  
-#### Material+=== Material ​===
   * pExpression plasmid sample (eg. pAD-ORF) or PCR product with attB sequencing flanking the desired gene fragment.   * pExpression plasmid sample (eg. pAD-ORF) or PCR product with attB sequencing flanking the desired gene fragment.
   * pDONR plasmid sample (pDONR221, pDONR223, etc.)   * pDONR plasmid sample (pDONR221, pDONR223, etc.)
Line 16: Line 16:
 ^ ID  ^ Target gene  ^ PCR method ​                  ^ Conc. (ng/​µL) ​ ^ Memo                   ^ ^ ID  ^ Target gene  ^ PCR method ​                  ^ Conc. (ng/​µL) ​ ^ Memo                   ^
 | 1   | ddH2O        | -                            | -              | Negative control ​      | | 1   | ddH2O        | -                            | -              | Negative control ​      |
-| 2   | MORF4L1 ​     | No barcode ​                  ​| ​               |                        | +| 2   | MORF4L1 ​     | No barcode ​                  ​| ​14             |                        | 
-| 3   | MRFAP1 ​      | No barcode ​                  ​| ​               |                        | +| 3   | MRFAP1 ​      | No barcode ​                  ​| ​29             |                        | 
-| 4   | BCL2L2 ​      | No barcode ​                  ​| ​               |                        | +| 4   | BCL2L2 ​      | No barcode ​                  ​| ​5.7            ​|                        | 
-| 5   | BIK          | No barcode ​                  ​| ​               |                        | +| 5   | BIK          | No barcode ​                  ​| ​6              ​|                        | 
-| 6   | MRFAP1L1 ​    | No barcode ​                  ​| ​               |                        | +| 6   | MRFAP1L1 ​    | No barcode ​                  ​| ​9.7            ​|                        | 
-| 7   | MORF4L1 ​     | Fusion PCR barcode cassette ​ |                | AD barcode replicate1 ​ | +| 7   | MORF4L1 ​     | Fusion PCR barcode cassette ​ | 82             | AD barcode replicate1 ​ | 
-| 8   | MORF4L1 ​     | Fusion PCR barcode cassette ​ |                | AD barcode replicate2 ​ | +| 8   | MORF4L1 ​     | Fusion PCR barcode cassette ​ | 78             | AD barcode replicate2 ​ | 
-| 9   | MRFAP1 ​      | Fusion PCR barcode cassette ​ |                | DB barcode replicate1 ​ | +| 9   | MRFAP1 ​      | Fusion PCR barcode cassette ​ | 218            ​| DB barcode replicate1 ​ | 
-| 10  | MRFAP1 ​      | Fusion PCR barcode cassette ​ |                | DB barcode replicate2 ​ |+| 10  | MRFAP1 ​      | Fusion PCR barcode cassette ​ | 86             | DB barcode replicate2 ​ |
  
  
  
-#### Protocol+=== Protocol===
  
-====1  Substrate preparation====+==1  Substrate preparation==
   * Prepare 6-60ng/ul solution of attB PCR sample/ plasmids.   * Prepare 6-60ng/ul solution of attB PCR sample/ plasmids.
  
Line 36: Line 36:
   * Add 2ul of the DNA as follows into one PCR plate.   * Add 2ul of the DNA as follows into one PCR plate.
     
-====2  BP reaction====+==2  BP reaction==
  
   *Prepare Ice with a tube labled "​BP"​   *Prepare Ice with a tube labled "​BP"​
Line 56: Line 56:
  
   
-====3  Transformation====+==3  Transformation==
   *Prepare the reaction mix and competent cells on ice.   *Prepare the reaction mix and competent cells on ice.
   *For each sample, add 10µl of homebrew competent NEB5-α cells.   *For each sample, add 10µl of homebrew competent NEB5-α cells.
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  • by dan